鸡肝重和颜色的全基因组连锁分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.025

摘要/Abstract

摘要：

旨在揭示鸡肝重和颜色的遗传基础和分子机制，本研究以中国农业科学院（CAAS）鸡F2资源群体和遗传图谱为基础，测定300只F2代个体93日龄的肝重、肝率以及肝颜色亮度值（L*）、红度值（a*）、黄度值（b*），进行这些性状的全基因组连锁分析。结果表明，本研究共检测到影响肝重和颜色5个性状的11个QTLs，解释了这些性状3.39%～6.43%的表型变异；在GGA5上22 cM、GGA12上56 cM和GGA15上1 cM共检测到影响肝重和肝率3个QTLs；在6条染色体上共检测到8个影响肝颜色的QTLs。其中GGA15上的2个QTLs，14 cM区间（16~30 cM）影响鸡肝L*和b*；GGA1上的2个QTLs，6 cM区间（81~87 cM）影响肝颜色a*和b*。这些QTLs的发现为鸡肝重和颜色的精细定位和分子标记辅助选择奠定基础。

Abstract:

To reveal the genetic basis and molecular mechanism of liver weight and color in chicken，5 traits，including liver weight，percentage of liver weight to carcass weight and liver color（lightness L*，redness a* and yellowness b*） were measured from 300 93-day-old F2 generation chickens from Chinese Academy of Agricultural Sciences（CAAS） chicken F2 resource population.Genome-wide linkage analysis for the liver weight and color traits were preformed on the basis of the CAAS chicken F2 resource population and genetic linkage map.The results of the present study showed that 11 quantitative trait loci（QTLs） for 5 traits were found，which explained 3.39%-6.43% of the phenotypic variation.A total of 3 QTLs on 3 chicken（Gallus gallus） chromosomes，at 22 cM on chicken chromosome 5（GGA5），56 cM on GGA12 and 1 cM on GGA15，for liver weight and the percentage of liver weight to carcass weight were identified.A total of 8 QTLs for liver color were found on 6 chicken chromosomes.Two interesting QTL regions for liver color were found，one region spanned 14 cM（16-30 cM） on GGA15 containing 2 QTLs for the chicken liver L* and b*，and the other region spanned 6 cM（81-87 cM） on GGA1 containing 2 QTLs for the chicken liver a* and b*.The present study provides the basis for further fine mapping and molecular marker-assisted selection for liver weight and color traits in chicken.

中图分类号:

S831.2

孙艳发，赵桂苹，刘冉冉，郑麦青，刘丽，李鹏，文杰. 鸡肝重和颜色的全基因组连锁分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(11): 2104-2110.

SUN Yan-fa，ZHAO Gui-ping，LIU Ran-ran，ZHENG Mai-qing，LIU Li，LI Peng，WEN Jie. Genome-wide Linkage Analysis for Liver Weight and Color in Chicken[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(11): 2104-2110.

0
/ / 推荐

导出引用管理器 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

链接本文: https://www.xmsyxb.com/CN/10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.025

https://www.xmsyxb.com/CN/Y2015/V46/I11/2104

参考文献

［1］岳颖.不同基因型肉仔鸡肝脏蛋白组学研究［D］.北京：中国农业科学院，2013.
YUE Y.Proteomic analysis on different genotype broilers liver［D］.Beijing：Chinese Academy of Agricultural Sciences，2013.（in Chinese）
［2］VAUTHEY J N，ABDALLA E K，DOHERTY D A，et al.Body surface area and body weight predict total liver volume in Western adults［J］.Liver Transpl，2002，8（3）：233-240.
［3］TRUANT S，OBERLIN O，SERGENT G，et al.Remnant liver volume to body weight ratio>or=0.5%：a new cut-off to estimate postoperative risks after extended resection in noncirrhotic liver［J］.J Am Coll Surg，2007，204（1）：22-33.
［4］杨爱君，崔雁，叶卉初，等.营养性肥胖动物模型的建立［J］.临床和实验医学杂志，2005，4（3）：156-157.
YANG A J，CUI Y，YE H C，et al.The establishment of the diet-induced obesity animal model［J］.Journal of Clinical and Experimental Medicine，2005，4（3）：156-157.（in Chinese）
［5］刘建国，陈亮，王宗元，等.鸡脂肪肝综合症病例主要内脏器官病理学观察［J］.广东农业科学，2010，37（9）：156-157.
LIU J G，CHEN L，WANG Z Y，et al.Pathomorphology observation for fatty liver hemorrhagic syndrome in laying hens.［J］.Guangdong Agricultural Sciences，2010，37（9）：156-157.（in Chinese）
［6］文杰，王和民.日粮烟酸水平对产蛋鸡生产性能及脂肪代谢的影响［J］.营养学报，1993，15（2）：200-206.
WEN J，WANG H M.Effect of niacin on egg production and lipid metabolism of laying hens［J］.Acta Nutrimenta Sinica，1993，15（2）：200-206.（in Chinese）
［7］TRAMPEL D，SELL J，AHN D，et al.Preharvest feed withdrawal affects liver lipid and liver color in broiler chickens［J］.Poult Sci，2005，84（1）：137-142.
［8］GJERDE B，GJEDREM T.Estimates of phenotypic and genetic parameters for carcass traits in Atlantic salmon and rainbow trout［J］.Aquaculture，1984，36（1）：97-110.
［9］DOUAIRE M，LE FUR N，EL KHADIR-MOUNIER C，et al.Identifying genes involved in the variability of genetic fatness in the growing chicken［J］.Poult Sci，1992，71（11）：1911-1920.
［10］NAVARRO P，VISSCHER P，KNOTT S，et al.Mapping of quantitative trait loci affecting organ weights and blood variables in a broiler layer cross［J］.Br Poul Sci，2005，46（4）：430-442.
［11］NONES K，LEDUR M，RUY D，et al.Mapping QTLs on chicken chromosome 1 for performance and carcass traits in a broiler × layer cross［J］.Anim Genet，2006，37（2）：95-100.
［12］WRIGHT D，KERJE S，LUNDSTRÖM K，et al.Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a Red Jungle fowl × White Leghorn cross［J］.Anim Genet，2006，37（6）：529-534.
［13］ZHOU H，DEEB N，EVOCK-CLOVER C，et al.Genome-wide linkage analysis to identify chromosomal regions affecting phenotypic traits in the chicken.II.Body composition［J］.Poult Sci，2006，85（10）：1712-1721.
［14］D′ANDRÉ HIRWA C，YAN W，WALLACE P，et al.Effects of the thyroid hormone responsive spot 14α gene on chicken growth and fat traits［J］.Poult Sci，2010，89（9）：1981-1991.
［15］HAN R，WEI Y，KANG X，et al.Novel SNPs in the PRDM16 gene and their associations with performance traits in chickens［J］.Mol Biol Rep，2012，39（3）：3153-3160.
［16］LI S，CHEN W，KANG X，et al.Distinct tissue expression profiles of chicken Lpin1-α/β isoforms and the effect of the variation on muscle fiber traits［J］.Gene，2013，515（2）：281-290.
［17］孙艳发，刘冉冉，郑麦青，等.鸡胫长和胫围的全基因组关联分析［J］.畜牧兽医学报，2013，44（3）：358-365.
SUN Y F，LIU R R，ZHENG M Q，et al.Genome-wide association study for shank length and shank girth in chicken［J］.Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica，2013，44（3）：358-365.（in Chinese）
［18］SUN Y，ZHAO G，LIU R，et al.The identification of 14 new genes for meat quality traits in chicken using a genome-wide association study［J］.BMC Genomics，2013，14（1）：458.
［19］GROENEN M A，WAHLBERG P，FOGLIO M，et al.A high-density SNP-based linkage map of the chicken genome reveals sequence features correlated with recombination rate［J］.Genome Res，2009，19（3）：510-519.
［20］ELFERINK M G，VAN AS P，VEENENDAAL T，et al.Regional differences in recombination hotspots between two chicken populations［J］.BMC Genet，2010，11：11.
［21］SUN Y，LIU R，ZHAO G，et al.Genome-wide linkage analysis and association study identifies loci for polydactyly in chickens［J］.G3：Genes Genomes Genetics，2014，4（6）：1167-1172.
［22］PURCELL S，NEALE B，TODD-BROWN K，et al.PLINK：a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses［J］.Am J Hum Genet，2007，81（3）：559-575.
［23］SEATON G，HERNANDEZ J，GRUNCHEC J A，et al.GridQTL：a grid portal for QTL mapping of compute intensive datasets［C］.Belo Horizonte Brazil：Proceedings of the 8th world congress on genetics applied to livestock production 2006，2006：13-18.
［24］CHURCHILL G A，DOERGE R W.Empirical threshold values for quantitative trait mapping［J］.Genetics，1994，138（3）：963-971.
［25］HU Z L，FRITZ E R，REECY J M.Animal QTLdb：a livestock QTL database tool set for positional QTL information mining and beyond［J］.Nucleic Acids Res，2007，35（Database issue）：604-609.
［26］WANG S，HU X，WANG Z，et al.Quantitative trait loci associated with body weight and abdominal fat traits on chicken chromosomes 3，5 and 7［J］.Genet Mol Res，2012，11（11）：956-965.
［27］ADEYEMO A，GERRY N，CHEN G，et al.A genome-wide association study of hypertension and blood pressure in African Americans［J］.PLoS Genet，2009，5（7）：e1000564.
［28］MELISSA A，PATRICIA Y，DIANE E.Identification of quantitative trait loci associated with bone traits and body weight in an F2 resource population of chickens［J］.Genet Sel Evol，2005，37：677-698.
［29］AMBO M，MOURA A，LEDUR M，et al.Quantitative trait loci for performance traits in a broiler × layer cross［J］.Anim Genet，2009，40（2）：200-208.
［30］ZHANG G，LIU T，WANG Z.Down regulation of MAGI1 associates with poor prognosis of hepatocellular carcinoma［J］.J Invest Surg，2012，25（2）：93-99.
［31］PODISI B K，KNOTT S A，BURT D W，et al.Comparative analysis of quantitative trait loci for body weight，growth rate and growth curve parameters from 3 to 72 weeks of age in female chickens of a broiler-layer cross［J］.BMC Genet，2013，14（1）：22.
［32］JACOBSSON L，PARK H B，WAHLBERG P，et al.Many QTLs with minor additive effects are associated with a large difference in growth between two selection lines in chickens［J］.Genet Res，2005，86（2）：115-125.
［33］CARLBORG Ö，KERJE S，SCHÜTZ K，et al.A global search reveals epistatic interaction between QTL for early growth in the chicken［J］.Genome Res，2003，13（3）：413-421.

[1]	唐鑫鑫, 郑炬梅, 骆娜, 营凡, 朱丹, 李森, 刘大伟, 安炳星, 文杰, 赵桂苹, 李和刚. 基于全基因组关联分析揭示肉鸡腿病发生的遗传机制[J]. 畜牧兽医学报, 2024, 55(1): 99-109.
[2]	徐小静, 董瑞玲, 魏立民, 赵少猛, 赵桂苹, 张敏红, 冯京海. 文昌鸡母鸡生长模型的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4952-4961.
[3]	齐丽娜, 陆雪林, 杨凯旋, 周瑾, 李先玉, 刘珂, 张文刚, 顾欣, 章伟建. 基于SNP芯片分析新浦东鸡的遗传多样性和遗传结构[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4962-4971.
[4]	王燕星, 张雨时, 姬海港, 刘阳, 牛玉芳, 韩瑞丽, 刘小军, 田亚东, 康相涛, 李转见. 鸡骨骼肌卫星细胞系的建立及分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4972-4981.
[5]	范晨宇, 单艳菊, 章明, 姬改革, 巨晓军, 屠云洁, 贺喜, 束婧婷, 刘一帆, 张海涵. 立华麻黄鸡体重和肉品质性状全基因组关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4982-4992.
[6]	陈诚, 乔西波, 孙亿, 康丽, 姜运良. 琅琊鸡FSHR基因-868位点的多态性及对产蛋性能的遗传效应研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4560-4568.
[7]	金四华, 贾富民, 何培莉, 贾羽晴, 税斐, 刘旭玲, 刘星, 王新, 徐嫚, 耿照玉. IHH过表达对鸡原代软骨细胞增殖和分化的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4569-4576.
[8]	陈雪娇, 刘会杰, 臧蕾, 冯静, 鹏达, 张浩. 鸡胚心脏组织转录组数据鉴定雪域白鸡高原低氧适应性关键基因[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(10): 4154-4163.
[9]	张寅梁, 岳巧娴, 黄晨轩, 陈辉, 王德贺, 周荣艳. 产蛋初期和后期蛋鸡胫骨转录谱的构建及骨代谢相关基因分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(10): 4164-4173.
[10]	郑钢, 连玲. 鸡性别决定及分化关键调控基因DMRT1研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(8): 3152-3163.
[11]	白露, 王梦杰, 马小春, 何政肖, 谭晓冬, 刘杰, 赵桂苹, 文杰, 刘冉冉. 一种快速挖掘鸡品种特征性SNP标记集合的方法[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(8): 3252-3261.
[12]	陈春, 康昭风, 魏岳, 黎观红, 武艳平, 谢金防. Wnt3a基因多态性与崇仁麻鸡皮肤毛囊性状相关性研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(7): 2810-2823.
[13]	刘航, 王欢欢, 葛莹, 张雷, 张伟武, 魏莹晖, 李庆海, 范京辉, 章学东. 基于转录组和蛋白组筛选乌骨鸡肤色性状候选基因[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2320-2329.
[14]	王辉, 许梦缘, 刘灵康, 郑喜邦, 李恭贺, 吴文德. PhiC31整合酶电穿孔鸡成纤维细胞诱发位点特异性基因盒交换[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2330-2342.
[15]	王政, 郭文婕, 程瑾, 原一桐, 罗榕, 薛毅, 张利环, 朱芷葳, 李慧锋. 营养转运相关基因调控区多态性与黄羽肉鸡饲料转化率关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2343-2352.